A norma della LR 79/2012 e dello Statuto Consortile, la struttura operativa e tecnico amministrativa dell’Ente è affidata al Direttore Generale, nominato dal Presidente (d'intesa con il Presidente della Giunta Regionale) per il tempo della durata in carica dell'Assemblea Consortile.
L'attuale Direttore Generale è l'ing. Iacopo Manetti.
La struttura del Consorzio è divisa in aree operative con a capo un dirigente, articolate in settori (dettagli e riferimenti normativi e amministrativi)
- Direzione Generale - ing. Iacopo Manetti
- Affari Generali, Comunicazione, Protocollo, URP, Segreteria Direzione, Trasparenza, Sicurezza luoghi di lavoro, Sistema di gestione
- Personale
- area Amministrativa - dott. Enrico Berni
- Catasto Amministrativo e Concessioni
- Ragioneria
- area Appalti, Espropri e Legale - dott.ssa Alessandra Deri
- Affidamenti e gare
- Espropri
- Giuridico legale e polizia idraulica
- area Manutenzione - ing. Angelica Bruno
- Manutenzione programmata
- Esecuzione manutenzione
- Manutenzione incidentale
- Impianti tecnologici, casse d'espansione, patrimonio mobiliare e immobiliare
- Ambiente
- area Studi, sistemi informativi e progettazione - ing. Francesco Piragino
- gruppo progettisti
- servizi informativi territoriali e cartografia
- sistemi informativi